東京圏において国家戦略特区に指定されているのは、22地区で、さらに、平成30年度までに6箇所が認定を目指しています。
これらのうち、東京都心・臨海地域、新宿駅周辺地域、渋谷駅周辺地域、品川駅・田町駅周辺地域、羽田空港跡地、池袋駅周辺地域は、「アジアヘッドクォーター特区」として2011年に指定され、アジア地域の業務統括拠点や研究開発拠点のより一層の集積を目指して外国企業誘致プロジェクトを進めています。2022年完成を目指している「虎ノ門・麻布台地区」（最高高さ330ｍ）、2027年完成を目指している「常盤橋地区」（最高高さ390ｍ）も国家戦略特区制度を具体化するプロジェクトです。
このほか、都市開発に限らず、多岐にわたる規制改革メニューの活用事業（区域計画）を、区域会議で決定し、諮問会議を経て、内閣総理大臣が認定する仕組みで、2017年6月現在、東京圏で80事業、全国で242事業が認定されています。
